以三室RCO为例，在工作过程中三室RCO与三室RTO的整体处理流程相似，两者最大的区别在于是否填装了催化剂以及运行温度差异。
在三室RTO的每个蓄热体上部都填装催化剂即可转换为三室RCO，催化剂床层安装在蓄热体床层三室上部，通过格栅板使其与蓄热体分层。三室RCO的工作原理如下：
当有机废气进入A室，在催化氧化炉内加热到250～300℃后废气中的有机物在铂、钯贵金属催化剂的作用下发生无焰燃烧，废气中的有机物被分解转化成二氧化碳和水，A室中净化完成的气流，流经B室蓄热体释放热量，降低温度后排放，此时蓄热室B的蓄热陶瓷吸热，将A室反应产生的大量的热量进行贮存，然后用于下个循环加热使用，同时C室内蓄热体执行反吹动作，清扫残留的少量有机废气；当切换新周期后，有机废气从B室进入，进行催化氧化处理，再通过C室降温释放热量后排出，此时A室将执行反吹动作；再进入下个周期后，则是从C室进入废气，进行催化氧化处理后，再通过A室降温释放热量后排出，B室则执行反吹动作；如此循环往复，以达到RCO节能净化的目的。